Que dit le rapport de la Cour des comptes sur le suivi vaccinal ?

Publié le 7 septembre 2026, le rapport de la Cour des comptes constate que la France ne dispose toujours pas d’un carnet de vaccination numérique complet et accessible, un outil pourtant inscrit depuis plus de quinze ans dans plusieurs stratégies ministérielles successives : la connaissance du statut vaccinal de chaque assuré et le calcul des taux de couverture vaccinale au niveau collectif souffrent de « nombreuses lacunes » qui compliquent l’évaluation de la politique publique, en particulier à l’échelle d’un territoire précis.

Le document, une évaluation de politique publique de 18 pages de synthèse (le rapport complet en compte davantage), a été présenté par la première présidente de la Cour des comptes, Amélie de Montchalin. Elle a résumé l’enjeu par une formule reprise par plusieurs médias : « Que chaque contact avec le système de santé soit utilisé pour vérifier cet état vaccinal et proposer un rattrapage », selon les propos rapportés par Public Sénat.

La Cour a structuré son évaluation autour de trois questions : les modifications de la politique vaccinale depuis janvier 2018 ont-elles amélioré la couverture vaccinale, les stratégies déployées sont-elles efficientes, et la politique vaccinale contribue-t-elle à réduire les inégalités de santé. Sur ce dernier point, la réponse est tranchée : positive pour les inégalités territoriales, négative pour les inégalités sociales.

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Un carnet numérique promis depuis quinze ans, toujours incomplet

Depuis juin 2020, un carnet de vaccination électronique est censé être intégré au Dossier Médical Partagé (DMP), l’espace numérique qui doit centraliser l’historique médical de chaque assuré social. Il est aujourd’hui essentiellement alimenté par les pharmaciens d’officine, habilités à vacciner les adultes depuis 2021. Mais dans les faits, l’historique des vaccinations reste, selon la Cour, « essentiellement réalisé, encore aujourd’hui, sur support papier ou au travers de solutions numériques privées » qui pallient l’absence d’un outil public.

Conséquence directe : ni le patient, ni son médecin, ni les autorités sanitaires ne peuvent reconstituer facilement un parcours vaccinal complet. C’est un problème d’archivage et de circulation de l’information — comparable, dans son mécanisme, aux difficultés déjà documentées sur d’autres dossiers administratifs de santé publique en France, comme l’a montré un rapport de l’Inspection générale des affaires sociales (IGAS) sur la mortalité infantile, où le manque de remontée de données avait aussi été pointé comme un frein à l’action publique.

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Grippe, HPV, rougeole : des couvertures vaccinales en deçà des objectifs

Le rapport détaille plusieurs indicateurs de couverture vaccinale, chacun comparé à un objectif fixé par l’Organisation mondiale de la santé (OMS) ou les autorités françaises. Pour la grippe saisonnière, la couverture des personnes de 65 ans et plus atteignait 54 % en 2025-2026, loin de l’objectif de 75 % recommandé par l’OMS. Les épidémies de grippe entraînent en moyenne 2,5 millions de consultations et 9 000 à 10 000 décès associés par an en France, dont 90 % concernent des personnes de 65 ans ou plus — un coût hospitalier oscillant, selon les années, entre 26 millions et 210 millions d’euros.

Concernant le papillomavirus humain (HPV), dont la vaccination est proposée au collège, la couverture progresse mais reste incomplète : lors de la campagne 2024-2025, elle est passée de 38 % à 54 % chez les filles de cinquième et de 29 % à 43 % chez les garçons entre le début et la fin de la campagne. À titre de comparaison internationale, seuls 55 % des jeunes de 15 ans sont vaccinés contre le HPV en France, contre plus de 80 % au Portugal, en Espagne et en Suède.

Sur la rougeole, la Cour signale une résurgence préoccupante : plus de 870 cas et au moins 4 décès ont été recensés en 2025, la couverture vaccinale restant inférieure au seuil de 95 % nécessaire pour éviter la circulation du virus.

Indicateur	Couverture constatée	Objectif
Grippe, 65 ans et plus (2025-2026)	54 %	75 % (OMS)
HPV, filles de 15 ans	55 %	> 80 % (Portugal, Espagne, Suède)
Rougeole (schéma complet)	< 95 %	95 % (seuil d’élimination)

La légionellose, une autre maladie à déclaration obligatoire dont Liberta Press avait suivi un foyer en Savoie, illustre à sa manière la même faiblesse structurelle : un système de surveillance sanitaire français encore trop dépendant de remontées manuelles et hétérogènes.

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1,4 milliard d’euros : le coût d’une politique mal pilotée

La politique de vaccination a représenté une dépense de 1,4 milliard d’euros en 2024, dont près de la moitié correspond aux remboursements de vaccins par l’assurance maladie (617 millions d’euros). Cette dépense de remboursement a augmenté de près de 70 % entre 2018 et 2024, essentiellement sous l’effet d’un recours accru à des vaccins plus coûteux, et non d’une hausse équivalente du nombre de personnes vaccinées.

La vaccination est financée et organisée selon deux circuits distincts : les professionnels de ville (médecins, pharmaciens, infirmiers), qui assurent la majorité des actes et des remboursements par l’assurance maladie, et les centres de vaccination ainsi que les services de protection maternelle et infantile (PMI), intégralement financés par les pouvoirs publics, sans reste à charge pour le patient. La Cour souligne que ce grand nombre d’acteurs est source de coûts de coordination et de complexité de pilotage — un constat qui rejoint d’autres alertes récentes de la Cour des comptes sur l’écart entre économies budgétaires annoncées et effectivement réalisées dans les politiques publiques françaises.

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Inégalités territoriales résorbées, inégalités sociales persistantes

Sur la question des inégalités, la Cour des comptes apporte une réponse nuancée mais tranchée. Côté territorial, l’extension de l’obligation vaccinale des nourrissons au 1er janvier 2018 a resserré les écarts de couverture entre départements français pour le schéma rougeole-oreillons-rubéole (ROR), comme le montrent les cartes comparant 2018 et 2024. Plusieurs départements d’outre-mer restent toutefois en retrait : en Martinique, la couverture vaccinale contre le HPV à l’issue de la première campagne en collège était deux fois inférieure à la moyenne nationale, dans un contexte de défiance vaccinale renforcée par une crise sanitaire antérieure aux Antilles.

Côté social en revanche, la politique vaccinale échoue à réduire les écarts. Les deux premières campagnes de vaccination HPV au collège n’ont pas permis de réduire les inégalités sociales, contrairement à ce qui est observé dans d’autres pays comparables à la France : les enfants de milieux défavorisés restent moins bien vaccinés que les autres. La Cour relève aussi que l’adhésion à la vaccination reste plus faible chez les personnes ayant les diplômes et les revenus les plus bas, et qu’elle tend à croître avec l’âge.

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Neuf recommandations, une échéance : fin 2028

La Cour des comptes formule neuf recommandations, adressées principalement au ministère chargé de la santé, à la Caisse nationale d’assurance maladie (CNAM) et à la Haute Autorité de santé (HAS). La première, la plus structurante, fixe une échéance précise :

Ces recommandations restent, à ce stade, des préconisations de la Cour des comptes — elles n’ont pas de valeur contraignante. Leur mise en œuvre dépendra des arbitrages du ministère chargé de la santé et de la CNAM, dont les réponses figurent en annexe du rapport complet.

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Ce que cela change concrètement pour les patients

Pour un assuré aujourd’hui, l’absence de carnet numérique complet signifie concrètement qu’un changement de médecin traitant, un déménagement ou la simple perte d’un carnet papier peut effacer une partie de son historique vaccinal — obligeant, par précaution, à revacciner ou à multiplier les recherches auprès d’anciens professionnels de santé. C’est cette friction administrative, plus que toute question sur l’utilité des vaccins, que la Cour des comptes cherche à résoudre en poussant à la généralisation du DMP comme outil de référence d’ici 2028.

Dans l’intervalle, la Cour rappelle que la meilleure protection contre cette perte d’information reste, pour chaque assuré, de vérifier et de faire compléter son propre carnet — papier ou numérique — à chaque contact avec un professionnel de santé, comme le recommande la première présidente de l’institution.

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Conclusion

Le rapport de la Cour des comptes du 7 septembre 2026 ne porte pas de jugement sur l’efficacité des vaccins : il documente un problème de service public, celui d’un carnet de vaccination numérique promis depuis quinze ans et toujours inabouti, avec des conséquences concrètes sur le suivi individuel comme sur le pilotage collectif de la politique sanitaire. Entre un coût en hausse de 70 % en six ans et des objectifs de couverture non atteints pour la grippe, le HPV ou la rougeole, la Cour trace une feuille de route précise, avec une échéance commune : fin 2028. Reste à savoir si le ministère de la santé et l’assurance maladie tiendront ce calendrier, là où les précédentes promesses de carnet numérique, depuis les années 2000, sont restées lettre morte.

Questions fréquentes

Le carnet de vaccination numérique va-t-il remplacer le carnet papier ?
À terme, c’est l’objectif porté par la Cour des comptes : que le Dossier Médical Partagé devienne la référence, alimentée par tous les vaccinateurs d’ici fin 2028. Le carnet papier ne disparaît pas formellement, mais son rôle de document de référence unique est appelé à s’effacer si la recommandation est suivie.

Que faire si j’ai perdu mon carnet de vaccination papier ?
Le rapport recommande justement la mise en place d’une stratégie nationale de récupération de l’historique vaccinal, en s’appuyant notamment sur les données de remboursement de l’assurance maladie. En attendant sa mise en œuvre, la vérification directe auprès des professionnels de santé consultés reste la seule solution fiable.

La Cour des comptes remet-elle en cause l’utilité des vaccins ?
Non. Le rapport porte sur le pilotage administratif, le coût et le suivi de la politique vaccinale, pas sur l’efficacité des vaccins eux-mêmes, qui relève de l’évaluation scientifique de la Haute Autorité de santé et non de la Cour des comptes.

Quand les nouvelles obligations pour les professionnels de santé entreront-elles en vigueur ?
La recommandation phare fixe une échéance de fin 2028 pour que l’ensemble des vaccinateurs alimentent le DMP. Il s’agit d’une recommandation de la Cour des comptes, pas d’une obligation légale déjà votée : sa mise en œuvre dépendra des arbitrages du ministère chargé de la santé.

Sources

1. Cour des comptes — « La politique de vaccination depuis 2018 », rapport public thématique et synthèse (7 septembre 2026)
2. Public Sénat — « Santé : un rapport de la Cour des comptes pointe un manque de connaissances de la situation vaccinale des Français »
3. Le Monde — « Vaccination : la Cour des comptes soulève un manque de connaissances des Français sur leur situation vaccinale »

Un carnet promis depuis quinze ans, toujours introuvable : la panne n’est pas dans le vaccin, elle est dans le classeur.